بزرگترین مشکل flatpack اینه که از environment های بزرگی استفاده می‌کنه، که نرم افزارهای نصب شده روی سیستم هیچوقت از همه پکیج هایی که داخل این environment ها پک شدن، استفاده نمیکنن. هم فرایند دانلود رو طولانی تر میکنن، و هم حجم فایل نصبی نهایی خیلی بیشتر از قبل میشه. البته فعلا به نظرم از snap بهتره، دلیلشم استفاده snap از squashfs هست.